Mikkelin helluntaiseurakunnan taloushallinto on järjestetty yhdistyslain mukaisesti. Juridinen persoona on Mikkelin Rukoushuoneyhdistys ry, joka ylläpitää ja omistaa seurakunnan kiinteän ja irtaimen omaisuuden, toimii päätoimisten työntekijöiden työnantajana, vastaa varainhankinnasta, kirjanpidosta jne. Yhdistyksen jäsenistöön kuuluvat helluntaiseurakunnan jäsenet.
Yhdistys ei peri jäseniltään jäsenmaksua tai veroa. Helluntaiseurakunta toimii vapaaehtoisten lahjoitusten varassa. Niitä ovat mm. kokouksissa koottavat vapaaehtoiset uhrilahjat, lahjoitukset, pienimuotoinen yhdistyslain mahdollistama varainhankinta kuten: myyjäiset, lounaat yms. Myös testamenttilahjoitukset ovat mahdollisia.
TALOUDELLINEN JOHTO JA YHDISTYKSEN HALLINTO
Yhdistys valitsee vuosikokouksessaan 7 jäsenisen hallituksen.
Hallitus v 2012: Puheenjohtaja Pertti Tuhkalainen, varapuheejohtaja Jari Hartikainen, hallituksen jäsen Arto Hokkanen, hallituksen jäsen Jouko Seitoja, hallituksen jäsen Taisto Valentin, hallituksen jäsen Markus Vilponen, hallituksen jäsen Pentti Ylönen. Hallituksen kokouksissa esittelijänä toimii pastori Matti Hirviniemi.
Lisäksi hallitus on nimennyt /kutsunut